Ο Μεθόδιος Ανθρακίτης είναι ο πρώτος που αποκλίνει από την επίσημη θέση της τότε Εκκλησίας, «η φιλοσοφία στην υπηρεσία της Θεολογίας» και ο πρώτος επίσης που αντικατέστησε την αρχαϊζουσα ως γλώσσα διδασκαλίας με τη δημώδη. Διδάσκει λογική και νεότερη Ευρωπαϊκή Φιλοσοφία, Καρτέσιο (Descartes) και Μαλμπράνς (Malebranche). «Βρήκα στη Σιάτιστα και την Καστοριά τον φιλόσοφο ιερομόναχο Μεθόδιο και άκουσα εκεί λογική και μαθηματικά». Παρθένιος Πάβλοβιτς, Απομνημονεύματα (Απρίλιος 1746) Άλλοι γνωστοί μαθητές του υπήρξαν ο Σεβαστός Λεοντιάδης, ο Παχώμιος που έγινε πασίγνωστος στην Θεσσαλονίκη, ο Ευγένιος Βούλγαρης, όταν ο Μεθόδιος Ανθρακίτης μετά την δίωξή του δίδασκε στην Επιφάνιο Σχολή των Ιωαννίνων κ.α. Η δίωξη και η αποκατάστασή του Η προσπάθειά του, όμως, για εκσυγχρονισμό της ελληνικής παιδείας συνάντησε αντιδράσεις από μερίδα συντηρητικών κύκλων. Ο Μακάριος ο Πάτμιος έγραφε «(…) ο κύρ Μεθόδιος τρίγωνα και τετράγωνα διδάσκει τους μαθητάς του και την άλλην πολυάσχολον ματαιοπονίαν της Μαθηματικής». Κατηγορήθηκε ακόμη και ως αιρετικός και συγκεκριμένα οπαδός του αιρετικού Ισπανού θεολόγου Μιγκέλ ντε Μολινός (Miguel de Molinos). Εξαιτίας αυτών των συκοφαντικών κατηγοριών, η Σύνοδος του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως τον κάλεσε σε απολογία ενώπιόν της με αποτέλεσμα ο Ανθρακίτης αρχικά να εγκαταλείψει την Καστοριά το 1719 και να μεταβεί στην Σιάτιστα, όπου επρόκειτο να διδάξει για τα επόμενα δύο περίπου χρόνια. Τελικά πάρθηκε απόφαση να καούν τα φιλοσοφικά του δοκίμια καθώς και οποιοδήποτε αντίγραφο που τυχόν θα βρισκόταν και επιπλέον τού απαγόρευσαν να διδάσκει προσωρινά το 1723. Η ανάκληση της απαγόρευσης της διδασκαλικής του δραστηριότητας το 1725 πραγματοποιήθηκε υπό τον όρον να διδάσκει την φιλοσοφία «κατά το σύστημα του Κορυδαλλέως… μηδεμίαν άλλην παράδοσιν ασυνήθους και ξένης φιλοσοσοφίας τολμήσαι όλως ποτέ». Όπως σχολιάζει χαρακτηριστικά ο Κωνσταντίνος Δημαράς, « ο Μεθόδιος δεν έγινε αντάρτης, αλλά ομολόγησε και αποκήρυξε » Μετά το 1725 φέρεται να αναλαμβάνει τη διεύθυνση της Επιφανείου Σχολής, όπου το πρόγραμμα της διδασκαλίας του περιλαμβάνει εκτός της περιπατητικής φιλοσοφίας, λογική, μεταφυσική και ηθική. Στη θέση αυτή θα παραμείνει πιθανότατα έως και το θάνατό του περίπου στα 1736. O Iερόθεος ήρθε στην Σχολή Κυρίτζη Καστορίας το 1719 και συμπεριφέρετο αρχικά με σεβασμό και θαυμασμό προς το δάσκαλό του Μεθόδιο. Τελικά πήρε κάποια τετράδια τού Ανθρακίτη, μεταφράσεις του από το έργο του Μαλμπράνς και το παρουσίασε ως έργο του Μολίνο (Miguel De Molinos) και τα πήγε στο Πατριαρχείο. Ο ισπανός θεολόγος Μιγκουέλ Ντε Μολινό (sic) είχε καταδικασθεί από την Ιερά Εξέταση της Δυτικής Εκκλησίας να φέρει στην υπόλοιπη ζωή του το ένδυμα της μετανοίας. Ο Σωφρόνιος τον χαρακτηρίζει ως δείλαιο και παντοίδα ιερομόναχο ( Π. Αρχ.Βρετού Β΄, 300) Γενομένης συνόδου παρεστάθηκα έμπροσθέν τους. Πόσοι ήσαν δεν δύναμαι να μετρήσω. Μου παρουσίασαν τα τετράδια διδασκαλίας μου με γνώμες από αρχαίους φιλοσόφους και την Γεωμετρίαν του Ευκλείδου. “Είναι δικά σου;”… Δεν είναι δικές μου γνώμες, είναι γνώμες των φιλοσόφων. Τα κατεδίκασαν και τα έκαυσαν. Την άλλην Κυριακήν άναψαν φωτιά εις τρία μέρη της αυλής των Πατριαρχείων. Ολόγυρα, δια να ευχαριστηθούν το σωτήριον θέαμα, ευρίσκοντο κληρικοί και λαός άπειρος, γεμιτζήδες, παπουτσήδες, ραφτάδες. Συναθροίζουν Λογικές, Φυσικές, Ευκλείδην και έτερα Μαθηματικά και τα ρίπτουν στις πυρές. Οι φλόγες αντιφέγγισαν στα πρόσωπά τους, όχι όμως το φως μα τα σκοτάδια… Μου ζήτησαν να ομολογήσω, ότι παρεκινήθην από σατανικήν συνεργίαν, εθελοκακίαν και φρενοβλάβειαν και να τα αναθεματίσω ως δυσσεβή και γέμοντα πάσης βλασφημίας και ότι ουδέποτε πλέον θα διδάξω, ειδάλλως θα είμαι υπόδικος τω αιωνίω αναθέματι -30 Νοεμβρίου 1723- κρυμμένος σ΄«ανήλιον γούβαν» στην Κωνσταντινούπολη . ( Δημήτριος Φωτιάδης, Η Επανάσταση του 21, Τόμ. 1ος σ.160) Ενάντιος στο μυστικισμό, στη μισαλλοδοξία και την θρησκευτική πρόληψη υφίσταται και υπομένει την απεριόριστη και αθαίρετη εξουσία, το καταθλιπτικό βάρος του σκοταδισμού και της υποδούλωσης στην παράδοση. Αυτή η διαδηλούμενη εναντιότητα είναι σε γενικές γραμμές το κύριο χαρακτηριστικό του Διαφωτισμού που οριοθετείται περίπου λίγα χρόνια πριν από το (1685) με τον Τζων Λοκ στην Αγγλία και λίγες δεκαετίες πριν από τη Γαλλική Επανάσταση (1789) ιδίως με τους λεγόμενους εγκυκλοπαιδιστές, Ζαν Ζακ Ρουσσώ, Ντιντερό (1713-1784)...