Η Παραλίμνη είναι ο τελευταίος υδάτινος σταθμός του συστήματος που περιλαμβάνει τον ποταμό Κηφισσό της Βοιωτίας και την λίμνη Υλίκη. Παρότι πρόκειται για μία μερικώς τεχνητή λίμνη, καθώς εκεί καταλήγουν τα νερά που φεύγουν από τον Κηφισσό και την πεδιάδα της Κωπαΐδας, ήταν γνωστή από την αρχαιότητα ως λίμνη Τρεφία, ή Τροφία, καθώς αποτελούσε εκτροφείο ψαριών για τους κατοίκους της περιοχής. Περιλαμβάνει πολλά είδη οικοτόπων όπως σημεία πυκνής υδρόβιας βλάστησης, μεγάλη επιφάνεια νερού, καλαμιώνες, υγρά λιβάδια, βαλτώδεις περιοχές και κάθετα βράχια που πέφτουν απότομα στο νερό. Στα νοτιοδυτικά της λίμνης υπάρχει μια εκτεταμένη περιοχή γεμάτη άσπρα νούφαρα (Nymphaea alba), η οποία αποτελεί την μεγαλύτερη συγκέντρωση του είδους τόσο νότια στη χώρα μας. Στη λίμνη φυτρώνουν διάφορα υδρόφιλα είδη, όπως τα Potamogeton crispus, P. nodosus, Ceratophyllum demersum, και Miriophyllum spicatum. Στα βουνά πάνω από τη λίμνη υπάρχουν δάση από πουρνάρια που πιο χαμηλά δίνουν τη θέση τους σε φρύγανα, λαδανιές και σκίνα, ενώ κοντά στη λίμνη φυτρώνουν διάσπαρτα λίγες λεύκες και πλατάνια. Κοντά στις όχθες βγαίνουν διάφορα ενδιαφέροντα είδη, όπως ο Astragalus spruneri, ο Anagyris foetida, η Bellevalia ciliata, η Bellevalia hyacinthoides, η ανεμώνη Anemone coronaria, το Hedysarum spinosissimum, ο Bouglossoides incrassata, η ίριδα Iris tuberosus, η Globularia alypum, η σπάνια Hyacinthella atschley leucophea, o Stachys spruneri, η Blackstonia acuminata, το υπερικό Hypericum empetrifolium, το Dorycnium hirsutum, o Tragopodon porrifolius και οι ορχιδέες Ophrys calocaerina, O. sicula, O. leochroma, O. perpusilla, O. mammosa, O. attica, Serapias vomeracea, Anacamptis pyramidalis, A. fragrans, A. papilionacea, Neotinea commutata κ.α. Γενικά η Παραλίμνη, για έναν ανεξήγητο λόγο, ποτέ δεν ήταν από τις αγαπημένες ...